Kao najveći bezbednosni problem u Maroku se pojavljuje veliki broj terorističkih ćelija koje se nalaze širom zemlje.
Od 2003.godine i terorističkog napada u gradu Kazablanci kada je poginulo 45 ljudi, u Maroku je razbijeno oko 70 terorističkih jedinica. Uprkos tome i dalje se javljaju brojni teroristički napadi.
Vlada Maroka je objavila da su bezbednosne snage Maroka tokom oktobra 2012.godine razbile terorističku ćeliju koja je planirala da uspostavi kamp za obuku terorista u predelu Rif planina, koje se nalaze na severu Maroka. Policija je krajem oktobra 2012.godine uhapsila devet navodnih terorista od kojih je zaplenila nekolicinu predmeta uključujući i crnu zastavu koja simbolizuje Al Kaidu.
Neposredno pre ovog hapšenja policija je takođe tokom oktobra 2012.godine u blizini Rabata, koji se nalazi na severozapadu Maroka uhapsila dvojicu militantnih islamista.
Takođe, tokom čitave 2011 i 2012.godine bezbednosne snage Maroka su vršile hapšenja navodnih terorista. Vlada Maroka je u maju 2012.godine uhapsila nepoznati broj navodnih terorista za koje se sumnja da pripadaju terorističkoj organizaciji Pokret muhadžedina u Maroku (Mujahideen Movement in Morocco) koja je navodno sporovodila svoje operacije u nekoliko gradova širom Maroka. Pokret Muhadžedina u Maroku nastao je 1975.godine i ovoj organizaciji se osim trgovine oružjem pripisuju i brojni napadi na teritoriji Maroka.
Bezbednosne snage Maroka su u januaru 2011.godine uhapsile 27 članova terorističke grupe Al Kaida na islamskom Magrebu, grupe povezane sa Al-Kaidom koja im svoj ogranak u zemljama Magreba (Al Quida in Islamic Maghreb -AQIM). Prema izveštajima koje je iznelo Ministarstvo unutrašnjih poslova Maroka, ova grupa je nagomilavala oružje na teritoriji Zapadne Sahare, sa ciljem izvođenja terorističkh i samoubilačkiha napada protiv marokanskih i međunarodnih bezbednosnih službi.
Tokom septembra 2011.godine marokanske bezbednosne službe su uhapsile tri člana grupe nazvane Batar eskadrila „Battar Sqadron", koji su planirali da dobiju obuku od članova AQIM, na teritoriji van Maroka, nakon toga se vrate u zemlju i izvode terorističke napade uperene protiv „Zapada". Ova grupa je tesno sarađivala sa članovima Al Kaide u Iraku, Somaliji, Siriji i Turskoj.
Tokom aprila 2011.godine Sud za terorističke akte, osudio je četvoricu ljudi na po dvadeset godina zatvora, a trojicu na po deset godina zatvora, zbog planiranja sprovođenja terorističkih napada u Maroku, i slanja ekstremista u Avganistan, Irak i Somaliju.
Uprkos kontinuiranoj borbi marokanskih vlasti protiv terorističkih organizacija i tokom 2011.godine su se dešavali teroristički napadi od kojih se najveći dogodio u gradu Marakešu, aprila 2011.godine, kada je 17 ljudi je ubijeno, a oko 20 je ranjeno. Međutim, niko nije preuzeo odgovornost za ovaj napad.
Maroko je jedna od zemalja osnivača Globalnog foruma za borbu protiv terorizma (Global Counterterrorism Forum GCTF). Iako su i Alžir i Maroko članice GCTF i Trans-saharskog partnerstva za borbu protiv terorizma, nivo bilateralne saradnje u borbi protiv terorima između ove dve zemlje se nie popravio prethodnih godina. Politička neslaganja oko statusa teritorije Zapadne Sahare i dalje predstavljaju prepreku za razvijanje saradnje između dve zemlje, pa i o pitanju borbe protiv terorizma.